Teritorija opštine je naseljena od praistorije o čemu svedoče i arheološke iskopine. U kasnijem periodu na ovim područjima su živeli Sarmati i Avari, a od 9-og veka Mađari. Prilikom iskopavanja, nađeni su ostaci naselja i groblja ovih naroda. U srednjem veku, na mestu današnje Bačke Topole, postojala je crkva pod nazivom Pustatemplom.

U pisanim izvorima bačkotopolski kraj se prvi put pominje 1462. godine, pod imenom Gybaych. Naselje sa nazivom Topola se pominje u turskim tefterima 1543. godine. Oblik Topoly nalazimo prvi put u popisu mesta Kaločke nadbiskupije potvrđenih kraljevskim zaštitnim pismom 1665. godine. Od kraja 17-og veka, do 1750. godine ova teritorija se pominje samo kao pustara.

U istoriji naselja 1750. godina predstavlja prekretnicu. Te godine, 15-og septembra, grof Antun Grašalković zadužuje slobodnjaka, Ferenca Čizovskog za naseljavanje bačkotopolske pustare. Pal Krai je za zasluge u borbama protiv Francuskih snaga 1800. godine, kao nagradu dobio Bačku Topolu. Porodica Krai počinje da razvija naselje, i već 1806. godine dobija status varošice, kao središta ovog kraja sa pravom održavanja vašara tri puta godišnje. Početkom 1849. godine, Bačka Topola je opljačkana i grad je delimično izgoreo. Nakon Mađarske revolucije, život se polako obnavljao. Grof Janoš Ziči, zet barona Kraia je – isplativši dugove svog tasta – 1852. godine preuzeo imanje. U drugoj polovini 19-og veka, grad se razvija, započeta je industrijalizacija. U to vreme najmarkantnija osoba Bačke Topole svakako je bio dr. Janoš Hadži, lekar i zapovednik vatrogasne jedinice.

Razvoj je tokom Prvog svetskog rata donekle usporen i delimično preusmeren. Trianonskim mirom je Bačka Topola potpala pod nadležnost Kraljevine SHS. U Drugom svetskom ratu 1941. godine, mađarske okupacione snage su ušle u Bačku i zadržale se do 1844. godine, kada partizani sa ruskim snagama oslobađaju i Bačku Topolu. Nakon Drugog svetskog rata razvoj Bačke Topole je doživeo korenite promene i krenuo novim pravcima. Počinje obimna izgradnja i snažna industrijalizacija, menja se i izgled i ambijent grada. Usled ratnih dešavanja 90-ih godina prošlog veka, razvoj je stagnirao, a grad i okolina su unazađeni za celu jednu deceniju.

Danas opština Bačka Topola spada u srednje razvijene opštine Srbije.